Mata Kuliah Ekologi Ekosistem (KTU 2041) merupakan mata kuliah wajib Program Studi Kehutanan Fakultas Kehutanan Universitas Gadjah Mada. Mata kuliah ini membahas tentang pengertian Ekologi dan Ekosistem serta mempelajari konsep ekosistem dan proses ekologi dalam suatu ekosistem; mengamati dinamika ekologis dan interaksi antar komponen ekosistem, dalam suatu ekosistem hutan; memahami hubungan antara kestabilan fungsi ekologis dengan produktivitas ekosistem, memahami keterkaitan antar ekosistem dalam suatu kesatuan daerah aliran sungai. Selain itu, dipelajari pula prinsip-prinsip ekologi dalam suatu ekosistem sebagai dasar pertimbangan dalam melaksanakan pembangunan kehutanan secara berkelanjutan.