Kuliah Pemikiran Politik Indonesia akan mendiskusikan gagasan-gagasan yang dilontarkan oleh tokoh-tokoh di tanah air (termasuk para founding fathers republik) berkenaan dengan kluster-kluster kajian dalam ilmu politik dan pemerintahan. Kekayaan pemikiran yang pernah dikemukakan oleh para founding fathers dan tokoh-tokoh Indonesia sesungguhnya merupakan upaya untuk melakukan peng-indonesia-an gagasan-gagasan yang berkembang dalam ilmu politik, yaitu tentang kekuasaan dan bagaimana kekuasaan tersebut dikelola. Dengan demikian, misi utama dari kuliah ini adalah untuk mengajak mahasiswa memahami gagasan-gagasan dalam politik dan pemerintahan yang pernah dimunculkan, serta setting atau konteks kemunculan dari gagasan tersebut.

Pembahasan dalam kuliah ini akan meliputi pemikiran-pemikiran orang Indonesia dan/atau Indonesianis yang berhubungan dengan dimensi-dimensi : (1) kekuasaan dan distribusinya, (2) hubungan agama dan negara, (3) bentuk negara, serta (4) ekonomi dan kesejahteraan rakyat. Kontestasi gagasan yang dimunculkan oleh para tokoh, mencari akar kontestasi, dan  bagaimana model-model kompromi yang dimunculkan akan menjadi diskusi menarik yang dirancang dalam kelas ini. Meskipun berbasis pemikiran, namun penyajian mata kuliah ini tidak berbasis tokoh atau orang dan sekuensial kehadiran para tokoh, namun berdasar kluster isu-isu pokok dalam kajian politik dan pemerintahan. Model penyajian seperti ini dipandang akan jauh lebih menarik, karena pada dasarnya gagasan atau ide adalah sesuatu yang berkembang melintasi jaman dan orang.

Apabila kita melakukan periodesasi perjalanan Indonesia baru, maka bisa kita kategorikan ke dalam 4 (empat) era, yaitu (1) era peletakan dasar negara (sebelum tahun 1950, (2) era penataan negara (1955-1966), (3) era penyempitan ideologis (1966-1998), serta (4) era demokratisasi/liberalisasi (1998-sekarang).  Sehubungan dengan itu, maka pembahasan atas dimensi-dimensi pemikiran di atas, didasarkan pada empat era tersebut.