Mata kuliah Ekosistem Pertanian merupakan mata kuliah wajib bagi mahasiswa Pertanian tahun pertama, semester dua. Mata kuliah ini mempelajari terkait konsep ekosistem dalam pertanian mulai dari hubungan timbal balik antara organisme terhadap lingkungannya baik lingkungan yang bersifat biotis maupun yang abiotis. Topik bahasan yang diberikan dalam mata kuliah ini meliputi : 1. Pendahuluan, 2. Konsep Ekosistem, 3. Arus energi dan daur materi dalam Ekosistem, 4. Daur Biogeokimia, 5. Suksesi, 6. Faktor Pembatas, 7. Ekologi Populasi dan Komunitas, dan 8 Perkembangan Ekosistem dalam Pertanian.