Mata Kuliah Ekologi Perairan adalah mata kuliah pilihan untuk mahasiwa Fakultas Kehutanan UGM minat Konservasi Sumber Daya Hutan yang juga dapat diikuti oleh mahasiswa minat lainnya. Dalam mata kuliah ini, akan dipelajari mengenai Sumberdaya Alam dan Ekologi; Keanekaragaman Hayati; Faktor Fisik, Kimia, Biologi Perairan; Stratifikasi Vertikal Perairan; Zona Pasang Surut (intertidal); Ekosistem Terumbu Karang; Ekosistem Hutan Pantai; Ekosistem Mangrove; Ekosistem Rawa, Danau, dan Sungai.