Mata kuliah Ekologi Perairan membahas mengenai proses ekologis dalam lingkungan perairan (aliran energi, daur materi, faktor pembatas perairan); struktur organisasi organisme perairan (spesies, populasi, dan komunitas); ekosistem perairan daratan (sungai, rawa, danau), perairan estuari, pesisir dan laut (lamun, mangrove, terumbu karang), perkembangan ekosistem, pencemaran, perubahan iklim global, keanekaragaman hayati dan konservasi).